Llegó muy comprometido al campeonato de 1997, arrastrando esta quita del año anterior -que seguía pesando en la tabla de promedios por la permanencia- a la que se le añadían otros dos puntos descontados por la misma sanción (es decir, equipacion barça en total fueron siete las unidades restadas a Cerro entre las dos temporadas). El segundo descenso a la Segunda División Profesional aconteció en la temporada 2005-06. Esta temporada tuvo la particularidad de ser la primera en jugarse según el calendario europeo, equipacion barça por lo que el Apertura se jugó en la segunda mitad del 2005 y el Clausura en el primer semestre del 2006. Tuvieron que descender tres equipos al final del Apertura y otros dos tras el Clausura.
