Sin embargo la progresiva profesionalización del fútbol y el aumento de los sueldos de los jugadores fue poniendo las cosas cada vez más difíciles al Donostia FC que vio como durante esta etapa de su historia comenzó a pasar dificultades económicas. Independiente vuelve a coronarse campeón ocho años después, en 1948. En este campeonato estuvo bajo la conducción técnica de Fernando Bello, arquero campeón en 1938 y 1939. Comenzó el torneo ganándole rotundamente a Rosario Central por 10-2. Más tarde en la fecha 25°, llegando a las fechas finales del torneo, le ganó de una forma considerada «batacazo» a River Plate ya que al finalizar el primer tiempo estaba perdiendo 3-1, pero en el segundo tiempo logró dar vuelta el marcador ganando 4-3. Tras esta fecha ocurrió una huelga de futbolistas, que derivó en una polémica decisión de la AFA que decidió que en los cinco últimos partidos se jugara con jugadores amateurs.
