Hizo su primera aparición de la temporada 2003-04 en la quinta fecha en una derrota por 3-2 ante el Wolfsburgo el 13 de septiembre de 2003. Una semana más tarde, marcó su primer gol de la temporada en el empate 3-3 ante el Bayer Leverkusen el 20 de septiembre de 2003. Santa Cruz anotó su primer gol en la Champions League 2003-04 en el empate 1-1 contra el Anderlecht, equipacion manchester city el 30 de septiembre.
