De nuevo regresaba el Atlético a la undécima posición, la mejor del torneo hasta el momento. 1998/99: en la ‹Zona del Interior› termina decimocuarto con 30 unidades, volviendo a quedar a una unidad del descenso, pero clasificando al «Torneo Reducido» en donde quedó eliminado por penales ante Cipolletti en ‹Primera Ronda›. Los maños tuvieron la suerte de encontrarse un gol en los primeros compases del partido. 2004/05: por el «Torneo Apertura», termina decimocuarto con 22 unidades; y por el «Clausura», termina decimosegundo con 25 unidades.
